NTPサーバーを起動しているサーバーは、今一度サーバーの設定をご確認ください。
NTPの設定ファイルによる制限、iptablesなどのファイアウォールによる制限などのチェックを行ってください。
一般公開されているNTPサーバーは、NTPリフレクション攻撃(NTP増幅攻撃)の対象となります。
送信元のIPアドレスを偽装しパケットをNTPサーバに送信することで攻撃対象のサーバーへDDoS攻撃する恐れがあります。
デーモンからコマンドに切り替えて運用することもご検討ください。
NTP DDoS攻撃
https://www.google.co.jp/search?q=NTP&oq=NTP&aqs=chrome..69i57j69i59l3j0l2.437j0j4&sourceid=chrome&espv=210&es_sm=122&ie=UTF-8#q=NTP+DDoS